結局，うまくいかない．どうやら，ソフト側の問題のようだ．
変換候補の窓が出てはすぐ消える．
当面は次のような使用法でいくしかなさそうだ．
○Emacs Emacsからskkを用いて日本語入力
○X skkinputを用いて日本語入力(uim-skkにしようとしたら，日本語入力すらできなくなった)
○Gtk2 uim-skkを使う(ただし，変換候補を選べないので，いざとなったら，他窓からコピペするしかない)
ということで，.vine/system/ime の該当部分の設定は以下のようにした．
EMACS_IME=skk
XIM_PROG=skk
GTK_IM_MODULE=uim-skk
※XIM_PROG=uim-skk とすると，ログイン時にエラーが出る．
どうやら，システム設定自体編集しないといけないようだ
(/etc/X11/xinit/xinitrc.d/setime とそれに関するファイル．uim-skk自体，候補にない)．
ついでに，手動で起動していたものを起動時に実行するようにした．
.Xclients (/etc/X11/xinit/Xclients をHome dir, にコピーして編集)
追記 uim-ximは，gtk2上では必要ないみたいです．
# uim-xim &
uim-helper-toolbar-gtk-systray &